就在洛克还在思考应该如何为特种部队指路，直到眼镜蛇组织的水下基地老巢时，男爵夫人却将一切全都说了出来，至于原因，自然是指挥官用来控制安娜的纳米机器人，在电子脉冲当中也遭到了破坏，终于摆脱了自己弟弟控制的安娜，选择站在杜克这一边。
当初安娜的弟弟在执行任务的过程中，遇到了得到麦卡伦资助，负责研究纳米虫的光头博士，只是在他看到了那令人惊叹的技术之后，他想要将那份技术保留下来，只是大部队已经准备进行空袭了，在原本就已经没有时间逃出去的情况下，光头博士还将那个房间的门给关上了，最终二人全都活了下来，而安娜的弟弟也是从光头博士那边学习到了有关纳米虫的所有技术，并且在那至上开发出了当前制造尼奥蛇魔的纳米虫，以及纳米弹头中的纳米虫。
安娜并不清楚自己的弟弟还活着，而雷克斯在掌握了有关纳米虫的技术后，首先就是控制了自己的姐姐，让安娜成为了眼镜蛇组织的一员。
尽管不清楚究竟是什么人控制了自己，可是在那些被压制了的记忆重新出现现在了脑海中之后，安娜终于想起来了她和杜克的过去，而安娜并不清楚指挥官就是自己的弟弟，为此她选择了杜克。
将眼镜蛇组织基地的位置说出来之后，霍克将军立即下令准备行动，不过这一次是以精英小队的方式出动，洛克他们几个全都被编入了行动小队当中。
虽然不清楚眼镜蛇组织还有多少尼奥蛇魔，但这种强化人的制造绝对不简单，否则当初眼镜蛇组织在抢夺纳米弹头的时候，完全可以派出大量的尼奥蛇魔，而麦卡伦在听说安娜已经恢复了记忆，并且将所有的事情全都说出来了以后，还准备继续嘴硬下去的他，也说出了一些安娜并不清楚的事情。
“师傅到底是不是你杀的？”
在出发之前，蛇眼来到了关押白幽灵的房间，对于自己的师兄，蛇眼的感情很是复杂，因为塞缪尔的提醒，他的心中生出了一种希望，那就是他的师兄是被诬陷的，如果白幽灵是被诬陷的，那么他们师兄弟两个就不需要刀兵相向了。
不过对于蛇眼的问题，白幽灵没有回答。
看着沉默不语的师兄，蛇眼离开了那个房间，快速跑到了直升机附近，等待着出发。
失去了大部分尼奥蛇魔以及白幽灵他们的眼镜蛇组织，现在内部也就只有一批普通士兵，虽说在这个世界中，只要人数够多，那么哪怕是精锐小队也会被人数堆死，不过洛克他们对于这一次的行动很有信心。
按照原本的电影剧情，特种部队在进攻这个基地的时候，眼镜蛇组织已经拿到了纳米弹头，同时白幽灵等人也都在这里，甚至说杜克都被抓了，当然，现在特种部队身上携带的武器都是常规武器，高科技装备在电子脉冲的攻击下都已经报废了，他们没有时间去等待装备的补充。
麦卡伦失去联系已经有一段时间了，对方相比已经察觉到了不对劲，他们必须趁着敌人还没有撤退的时候，将敌人的主要首脑全部处理掉，否则眼镜蛇组织可不会就此灭亡。
“过载铁炮。”
率先找到了指挥官的洛克，一拳就将这个家伙的脑袋给打爆了，虽然指挥官是一个十分重要的角色，可他在这个世界中的设定终究只是一个受伤的科学家，如果摘下了他的面罩，呼吸都是一个很困难的事情。
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